免疫反応は、身体の外の異物（抗原）を排除することで、身を守る反応ですが、その反応が異常であるものがアレルギーと呼ばれます。

アレルギーには、抗原への免疫反応によってヒスタミンが放出され、腫れやかゆみが起きるものがあります。特定の食べ物、ダニ・虫、ペットなどへの反応として起きる、発疹やじんましん、空中を浮遊する花粉等の刺激による鼻水・鼻づまり・目のかすみや腫れなどが起きる花粉症・アレルギー性鼻炎、空中の環境刺激因子や寒気・ストレス等の刺激で気道が狭まり連続した咳が起きる喘息、そして緊急処置を要するものでは主に特定の食べ物への反応で臓器に影響するアナフィラキシーショックなどが、その典型例です。

免疫反応で、抗原・抗体や反応を補助する組織が、結び合ってできるものが周囲の組織を痛める、関節リウマチやアレルギー性血管炎などもアレルギー症状です。

また、リンパ球の一種であるT細胞が、抗原と反応した時に出る物質が、周囲の組織に炎症を起こしていく、ツベルクリン反応、接触性皮膚炎（「ウルシかぶれ」）、金属アレルギーなども、アレルギー症状です。

先進国で、アレルギー症状の顕著な増加が起きていますが、なぜ、このような異常な免疫反応が起きるようになるかは、今だはっきりとはわかっていません。

アレルギー症状に対して、改善した例が禅密気功でも見られます。アレルギー性鼻炎のために何十年も匂いのわからなかったIさんが、気功教室に通ううちに症状が改善し臭いがわかるようになりました。禅密気功の基礎である築気功を続けるうちに、皮膚炎がおさまり、ステロイド系の薬をやめられた方もいます。また、多くの人は、効果的な気の流れを調整できるようになることで、花粉症の症状を自分で止めるられるようになっています。

動きの伴った気功である動功は、老廃物を外に出す効果が考えられます。また、気の流れを整えることは、内臓や自然治癒力を高める効果があります。

また、十分な良い気を下腹部に満たすことで、腸の調子が整えられ、漢方医学で腸と深い関連のあるとされる皮膚や呼吸器官に現れるアレルギー症状が改善します。

さらに、最近科学によってわかったことは、瞑想中の雑念を意識化し感覚に集中すること（マインドフルネス瞑想）で持続的な炎症に関わる遺伝子の活動が変化することです。禅密気功では、雑念に飲まれない禅を重視し、感覚に集中していきますので、炎症に関わる、この瞑想の効果も、アレルギー改善で起きていると予想されます。

免疫の病気の一つである膠原病の症状が、禅密気功で改善した例はこちらです。